- Tiền thân của công ty là Viện khảo sát thiết kế Thủy lợi - Thủy điện Hà Nội thuộc Bộ Thủy lợi (nay là Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn) được thành lập từ năm 1956.
- Năm 1975: Thành lập làm 02 Đoàn Khảo sát thiết kế phục vụ công tác thủy lợi trên địa bàn các tỉnh phía Nam: Đoàn thiết kế Thủy lợi Nam bộ (10/1975) và đoàn khảo sát Đông Nam Bộ (03/1977)
- 09/1982: Đoàn Thiết kế thủy lợi Nam Bộ và Đoàn Khảo sát Đông Nam Bộ được sáp nhập lại và mang tên là: Phân viện Khảo sát Thiết kế Thủy lợi Nam Bộ theo quyết định số 605 QĐ/TCCB ngày 11/09/1982 của Bộ
- 03-1985: đổi tên thành XN Khảo sát Thiết kế Thủy lợi Nam Bộ theo QĐ số 161 QĐ/TCCB ngây 19/03/1985 của Bộ
- 03/1989: đổi tên thành Viện Khảo sát Thiết kế Thủy lợi Nam Bộ theo quyết định số 573 QĐ/TCCB ngày 30/03/1989 của Bộ
- 02/1993: đổi tên thành CT Khảo sát Thiết kế Thủy lợi II theo QĐ 67 QĐ/TCCB ngày 20/02/1993 của Bộ
- 09/1995: đổi tên thành Công ty Tư vấn Xây dựng Thủy lợi II theo quyết định số 80 QĐ/TCCB ngày 06/09/1995 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn
- Ngày 05/10/2004, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn chính thức ra quyết định số 3393 QĐ/BNN-TCCB về việc chuyển doanh nghiệp Nhà nước: Công ty Tư vấn Xây dựng Thủy lợi II thành Công ty Cổ phần
- Ngày 29/12/2004, CT chính thức đi vào hoạt động theo cơ chế CTCP với VĐL 15 tỷ đồng
- Ngày 21/12/2016, giao dịch đầu tiên trên sàn UPCoM với giá tham chiếu 20.800đ/cp.