- Tiền thân là Kho thuốc K45 thuộc Ban Y Tế khu Trung Trung bộ. Quá trình phát triển của Công ty trải qua các giao đoạn sau:
+ Từ tháng 10/1968 đến 03/02/1976: Ngày 03/02/1976, Tổng Kho thuốc được thành lập và có tên gọi là Kho thuốc K45 Vinh quang thuộc Ban y tế Khu Trung Trung Bộ (tiền thân của Tổng Kho thuốc chi viện từ miền Bắc vào miền Nam được tách từ đơn vị Đội 20 thuộc Ban Kinh Tài Khu 5 vào thời gian trước tháng 10/1968)
+ Từ ngày 03/02/1976 đến 05/06/1985: Ngày 03/02/1976, Bộ trưởng Bộ y tế ra QĐ số 82/BYT - QĐ về việc thành lập Công ty Dược Tổng hợp Cấp I tại Đà Nẵng (gọi tắt là CÔNG TY DƯỢC CẤP I - ĐÀ NẴNG) đặt dưới sự chỉ đạo của Liên hiệp các Xí nghiệp Dược Việt Nam
+ Ngày 05/06/1985 đến ngày 09/04/1993: Bộ trưởng Bộ y tế ra QĐ số 534/BYT-QĐ về việc đổi tên các đơn vị trực thuộc Liên hiệp - Các Xí nghiệp Dược Việt Nam. Công ty Dược Cấp I - Đà Nẵng được đổi tên là : CÔNG TY DƯỢC LIỆU TRUNG ƯƠNG III
+ Ngày 09/04/1993 đến 28/6/2010: Căn cứ Thông báo số 108/TB của Văn phòng Chính phủ, Bộ y tế ra Quyết định 392/BYT-QĐ ngày 20/04/1993 thành lập Doanh nghiệp Nhà nước và Công ty Dược Liệu Trung ương III, được đổi tên là : CÔNG TY DƯỢC TW III.
+ Ngày 29/6/2010 đến 25/03/2015 Công ty Dược TW 3 chính thức được chuyển đổi sang Công ty TNHH một thành viên Dược Trung ương 3 theo Quyết định số 047/QĐ-TCTD ngày 29/6/2010 của Hội đồng quản trị Tổng Công ty Dược Việt Nam.
+ Ngày 25/3/2015 đến nay: Công ty TNHH MTV Dược TW3 được phê duyệt chuyển đổi sang CTCP Dược Trung ương 3 theo QĐ số 4204/QĐ-BYT ngày 15/10/2014 của bộ Y tế về việc phê duyệt Phương án cổ phần hóa và chuyển Công ty TNHH MTV Dược TW3 thành CTCP và chính thức chuyển đổi thành CTCP Dược Trung ương 3 theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh kể từ ngày 25/03/2015
- Ngày 18/10/2016, giao dịch đầu tiên trên sàn UPCoM với giá tham chiếu 10.500đ/CP.