Theo tờ trình, giai đoạn đến 2025, VNR hợp nhất Công ty Cổ phần Vận tải đường sắt Hà Nội và Công ty Cổ phần Vận tải đường sắt Sài Gòn thành một, nhằm tiếp tục thực hiện phương án cơ cấu lại doanh nghiệp, đơn vị trực thuộc VNR theo Văn bản số 303 ngày 7/4/2022 của Thủ tướng Chính phủ.

VNR giữ nguyên tỷ lệ phần vốn Nhà nước nắm giữ trên vốn điều lệ của Công ty Cổ phần Xe lửa Dĩ An là 86,85% và Công ty Cổ phần Xe lửa Gia Lâm là 77,37%; giữ nguyên mô hình tổ chức và duy trì tỷ lệ phần vốn góp của VNR nắm giữ mức cổ phần chi phối trên 51% vốn điều lệ đối với 15 công ty cổ phần đường sắt và 5 công ty cổ phần thông tin tín hiệu đường sắt; giữ nguyên tỷ lệ phần vốn Nhà nước nắm giữ trên vốn điều lệ của Công ty Cổ phần Đá Đồng Mỏ là 51%, Công ty Cổ phần Đá Mỹ Trang là 44,44% và Công ty Cổ phần Vận tải thương mại đường sắt là 18,45%.

VNR cũng sẽ giữ nguyên mô hình tổ chức của 12 chi nhánh khai thác đường sắt như hiện nay và thành lập mới Trung tâm Khoa học công nghệ và dịch vụ.

Đối với phương án sáp nhập 2 Công ty Cổ phần Vận tải đường sắt Hà Nội và Sài Gòn, VNR dự kiến tỷ lệ phần vốn Nhà nước nắm giữ trên vốn điều lệ của công ty cổ phần vận tải đường sắt sau hợp nhất sẽ lớn hơn 80%. Tuy nhiên, Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp đề nghị, kết thúc năm 2025, sau khi công ty vận tải đường sắt hợp nhất đi vào hoạt động, VNR giảm tỷ lệ vốn chi phối tại công ty này, nhằm tách bạch hoạt động điều hành giao thông và vận tải, tạo điều kiện để nhà đầu tư mới tham gia thị trường vận tải đường sắt.

Theo dự thảo Đề án Cơ cấu lại VNR đến năm 2025, sau 2025, mô hình VNR sau khi sắp xếp lại gồm: Công ty mẹ - VNR là Công ty TNHH MTV do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ. Các đơn vị hạch toán phụ thuộc: Trung tâm Điều hành GTVT đường sắt; Văn phòng và các ban của VNR; các chi nhánh khai thác đường sắt: Hà Nội, Lào Cai, Hà Lào, Hà Lạng, Hà Thái Hải, Hà Thanh, Nghệ Tĩnh, Thừa Thiên - Huế, Nghĩa Bình, Phú Khánh, Sài Gòn và chi nhánh ga Đồng Đăng; các chi nhánh đầu máy Hà Nội, Vinh, Sài Gòn; Trung tâm Khoa học công nghệ và dịch vụ.

Các công ty con: 15 công ty cổ phần đường sắt Hà Hải, Hà Thái, Hà Lạng, Yên Lào, Vĩnh Phú, Hà Ninh, Thanh Hóa, Nghệ Tĩnh, Quảng Bình, Bình Trị Thiên, Quảng Nam - Đà Nẵng, Nghĩa Bình, Phú Khánh, Thuận Hải, Sài Gòn; 5 công ty cổ phần thông tin tín hiệu đường sắt Hà Nội, Bắc Giang, Vinh, Đà Nẵng, Sài Gòn. Các công ty liên kết: Công ty TNHH HTV Khách sạn thương mại Sài Gòn, Công ty Cổ phần Mặt trời - Đường sắt Việt Nam...